肛门疼痛是肛肠疾病的另一常见症状。在肛肠科患者中，除便血占大多数外，肛门疼痛当属第二位。肛门疼痛是患者的一种主观感觉，并没有客观的衡量指标。
根据疼痛性质和程度，可分为剧烈疼痛、坠痛、隐痛。
1剧痛
是指疼痛明显，痛苦难忍。引起肛门剧痛，一般病变部位在肛门齿状线以下，因为齿状线以下的区域属于脊神经支配，对于病变刺激有明显的疼痛反应，多为肛管本身或肛管附近的疾病。
(1)肛裂：肛裂是指肛管皮肤裂开，由于肛管皮肤裂开，神经末梢裸露而引起疼痛，同时伴有肛门出血。
(2)痔疮：最常见的引起疼痛的是炎性外痔和血栓性外痔以及内痔块嵌顿。
(5)肛管直肠周围脓肿：患者起病较急，初始肛门一侧深部疼痛、不适、阻塞感，疼痛逐渐加重，不敢活动，有碍行走，严重者影响夜间睡眠。
2坠痛
是指既有肛门下坠，又有肛门疼痛。引起肛门坠痛的原因，多为齿状线附近或直肠下段的疾病。
(1)直肠癌：直肠癌后期有的伴有严重的肛门坠痛。
(2)直肠脱垂：多见于儿童及老年人，患者有肛门坠痛、沉重、里急后重，欲便不能的感觉，逐渐有肿物脱出肛门外，反复脱出和纳入，黏膜充血、水肿、糜烂或溃疡，大便时出血或便纸沾染血迹。
3隐痛
是指一般的隐隐作痛，疼痛程度较轻，可以忍受。引起肛门隐痛的原因，多为肛管、肛门周围的炎症性疾病，也可见于神经官能症。
(1)肛窦炎：典型症状有肛门隐痛不适，灼热，肛门有堵塞、下坠感。
(2)肛瘘：典型症状有肛门周围皮肤反复破溃、流脓，急性感染发作时肛门隐痛。
(3)直肠炎：患直肠炎时，一般常见症状为肛门隐痛，伴有腹泻，部分患者则以便中带有血丝为主要症状。
