癌症
目前比较MG患者和对照人群癌症发生风险的研究较少，这些研究或多或少存在一些方法学、入组标准、随访时间等方面的缺陷。近期进行的登记性研究克服了某些缺点，但仍缺乏患者详细临床信息。
近期在台湾和丹麦人群中进行的两项研究得出了不尽一致的结果。2614例台湾MG患者中，癌症发生风险比率为1.4，淋巴瘤、肺癌、乳腺癌更为常见。而丹麦研究发现非胸腺型MG患者整体癌症风险无增加，但胸腺型MG患者癌症风险轻微增加。
MG胸腺瘤亚型患者癌症风险增加，但并非与自身免疫性机制相关，而是与胸腺瘤相关。硫唑嘌呤免疫抑制治疗可能是一种致癌因素，但尚未经研究证实。自身免疫性疾病和癌症中某些发病机制可能重合，一种疾病可能触发另外一种，其治疗方法也可能重合。
副肿瘤综合征在所有癌症人群中均少见，发生率约为0.01%。然而，在30%的AchR抗体阳性的MG患者中3%的患者存在小细胞肺癌以及Lambert_Eaton肌无力综合征。神经性肌强直也是一种常见的副肿瘤综合征，其是由于胸腺瘤和小细胞肺癌所致。
神经系统疾病
已有研究显示一些中枢神经系统疾病可由自身抗体所致，比如以精神行为症状为主的亚型脑炎。尽管十分少见，但是胸腺瘤型MG患者发生自身免疫性脑炎风险增加。流行病学研究发现自身免疫性疾病与精神病和精神分裂症相关，可能是由自身免疫性脑炎、遗传因素、包括感染在内的病因学因素共同导致。
一部分MG患者可合并发生焦虑和抑郁，严重影响生活质量。MG人群焦虑、抑郁和睡眠障碍的发生率是非MG人群的1.2-1.5倍。这些症状与MG亚型或发病机制无关，而与其疾病严重程度、年龄和教育程度相关。
肌萎缩侧索硬化（ALS）是一种炎性因素参与的神经系统退行性变。已有病例报道显示AchR抗体阳性的MG患者可合并发生ALS。自身免疫性疾病和ALS之间的相关性可能是由于其共有的遗传性和环境性危险因素所致，但是但没有研究表明MG和ALS之间具有共同的遗传学基础。
