为了对癌症进行更精准、更有效地治疗，张士舜大胆解放思想，调整了思路。在继承传统中医辨证论治同时，广泛借鉴吸收现代医学对抗癌中草药的研究成果，深入开展中药抗癌的实验研究，认真探索各种癌症发病的病理机制。
鉴于癌症多为正虚邪实之证，在采用中药抗癌过程中，他一方面坚持以中医辨证论治为指导，同时还根据“正虚邪实”这一癌症的病理机制，坚持中医辨证论治与辨病理论治相结合，扶正与祛邪并举，精选祛邪（抗癌）和扶正类中药组方，研发出中药抗癌新配方——抗癌复方太极胶囊。经临床验证，抗癌复方太极胶囊抗癌效果显著，先后于1986年通过市级鉴定，1987年通过省级鉴定，于1988年获得石家庄市科技进步二等奖，于1992年获得国家食品药品监督管理局二期临床批件。
该制剂的研制成功启发了张士舜。他判定，癌症毕竟是非常复杂的疾病，它不是一种病，而是一类病，其病理分型多达130多种，常见的癌症就有62种。想用一个配方解决所有的癌症是不现实的，也是不可能的，张士舜要寻求满意解和最优解，他需要找到抗单病种的中药。又历经10余年时间，他分析研究各种癌症的病理机制，并研发出系列相关中药配方，用于临床治疗。
在此基础上，他考虑到有些癌症虽病理机制相同，但癌细胞生长的部位不同，就表现为不同的癌症。如常见的鳞癌，生长在皮肤的是皮肤癌，生长在口腔的是口腔癌，生长在鼻咽的是鼻咽癌，生长在食管的是食管癌，生长在宫颈的是宫颈癌等。张士舜在辨病证、辨病理治疗鳞癌的同时，还根据癌症所处不同位置，有针对性地进行治疗，即辨病位论治，引药到疾病的病位，收到更好的疗效，从而在中医辨治基础上，完整地形成了辨证论治、辨病理论治和辨病位论治相结合的“三辨论治”抗癌新理论。
张士舜以较难治的滑膜肉瘤为例，为大家讲解了三辨论治的具体应用。他曾经治疗一左下肢滑膜肉瘤术后16年复发、皮下转移的76岁男患者，给予“三辨治癌”中药和对症治疗后，瘤体已消失，生活良好，至今健在。
滑膜肉瘤相当于中医骨疽、骨痨范畴，气滞血瘀、肾虚骨瘘、脾肾两虚、邪毒郁结是其病机。据三辨论治理论，从病理上讲，滑膜肉瘤属于肉瘤的一种，要采用对肉瘤敏感的中药，对该病理分型较敏感的中药有：雷公藤、八角莲、龙葵、蛇六谷、雄黄、酸藤子、鹿茸、壁虎、灵芝等。又滑膜肉瘤多起源于滑膜、滑囊、腱鞘部位，与风湿性关节炎有相似之处，需把治风湿性关节炎中药参考应用，如白花丹、牛膝、金毛狗、骨碎补等。此外，还需加入引经到这些部位的中药，比如蜈蚣，这就是辨病位论治。针对滑膜肉瘤气滞血瘀、脾肾两虚、邪毒郁结的病机，再用活血化瘀、补益脾肾、软坚散结之品，活血化瘀常用三棱、莪术等，补益脾肾常用鹿茸、牛膝、龙眼肉等，软坚散结常用穿山甲、夏枯草等。
针对滑膜肉瘤，张士舜喜用鹿茸、龙眼肉起补益脾肾作用，鹿茸这个药不能小瞧，现代研究表明鹿茸对肉瘤有很好的抑制作用；再用灵芝、核桃枝提高机体免疫力，应用穿山甲、夏枯草软坚散结，同时加入鸡内金、焦三仙等顾护胃气，加入乌梅、山萸肉、椿皮等收涩中药防止转移；张士舜十分重视引经药的应用，中药的“引经”可使诸药药力直达病所，十分重要，他很喜欢用蜈蚣，临床病例证明用蜈蚣效果很好。
张士舜总结创立的“三辨论治”治癌新理论得到了充分肯定。2007年治疗食管癌的配方冬龙祛噎方药鉴定成功，经河北省科委鉴定为全国领先并获国家专利。在2016年8月举行的专家鉴定会上，张士舜带领课题组开展的“三辨论治治疗晚期肺癌临床应用研究”通过了由中国中医科学院、中国医学科学院肿瘤医院、河北医科大学、河北省中医药科学院专家组成的鉴定委员会的技术鉴定。该研究通过对122例晚期肺癌病人施以“三辨论治”后，比单纯辨证论治对比组效果更好，1年、2年、3年、4年、5年的生存率患者生存期更长。鉴定专家一致认为，张士舜的“三辨论治”理论已达国内同类研究领先水平，是对中医辨证体系的一种创新。其中，生存期最长的河北鹿泉患者刘连妮，在1985年患肺鳞癌晚期，因肿瘤贴近大血管不能进行手术，经张士舜用中药治疗，三个月后再做气管镜时未找到癌细胞，后又继续巩固治疗，至今健在32年。河北石家庄王风亭，2003年患肺腺癌合并肺内感染，找到张士舜，经治疗目前健在14年。在三辨理论指导下，有一批病人获得了良好的疗效，包括健在13年的小细胞肺癌患者，健在15年的淋巴瘤病人，存活15年的肝癌病人等等。
“这项研究里每个病的处方都是有效物质、作用机理相对清楚的组分中药，符合张伯礼院士新药研究的理论，因此将会为中药抗癌新药的研发闯出一条新路。”张士舜称，今后将陆续鉴定胃癌、淋巴瘤、乳腺癌等疗效显著的病种。“30年磨一剑，我们用30年终于找到了一条新路。”
张士舜深有感触地说：“最好的传承就是创新，在遵循中医传统基础上，不断将中医的现代研究成果渗透到临床实践中，沿着这一条路，逐渐形成系列的新方药，解决了一些新难题。参西衷中治肿瘤，揭示了抗癌中药的有效成分和作用机理，将其应用到中医抗癌实践中去，会对抗癌中药新药的研发和传统抗癌药物的提升有很大的推动作用。”
