尽管干扰素联合利巴韦林方案治愈了许多丙肝病毒感染者，但是干扰素和利巴韦林有许多禁忌证，存在这些禁忌证的丙肝病毒感染者不适合使用干扰素治疗。
干扰素和利巴韦林的不良反应也很多，有一部分患者无法耐受其副作用，尤其是失代偿期肝硬化患者，往往存在干扰素或/和利巴韦林治疗的禁忌证。
还有相当一部分患者不能治愈，尤其是基因1型丙肝病毒感染者对干扰素联合利巴韦林治疗的应答较差。
国外一项双盲、安慰剂研究的1337例患者中有404例(30.2%)患者因存在各种并发症、禁忌证，不适合使用干扰素治疗。在另一项临床真实情况的回顾性研究中，有72%的患者因无法按时随访和检测、严重临床伴发疾病或精神疾病、存在酒精或药物滥用、或依从性不佳等原因而不适合干扰素治疗。
我国2011年一项997例丙型肝炎的研究显示，超过50%的丙肝病毒感染者不适合或无法耐受干扰素联合利巴韦林的治疗。
近年来在国外新上市的一些治疗丙型肝炎的直接抗病毒口服药，为不适合或不耐受干扰素联合利巴韦林治疗的患者和既往干扰素联合利巴韦林治疗失败的患者提供了治愈丙型肝炎的希望。
