应当在常规安排的工作周中，每隔24小时对使用的无菌处理区（包括周围区域）进行终末清洁。当该区域未被既定的人员占用时（例如周末），应当由多学科的小组（包括来自无菌处理部门、环境服务部门和感染预防部门的代表）来确定所需的清洁频率和程度。在决定过程中，小组成员应当考虑到围手术期工作人员会在无菌处理区中因皮屑生成灰尘，其中可驻留细菌。所有通行区域（暂时性的），应当视为被占用并应当进行清洁，因为人的皮肤角化会产生皮屑。
例如，如果无菌处理区被关闭并且没有人员进行无菌处理活动，则小组可确定在这些时间中无需进行终末清洁。如果电话叫回围手术期小组成员进入无菌处理区取回设备和用品并返回净化区处理污染的设备，则小组可确定净化区应当在非既定时间中进行终末清洁，而洁净区（例如无菌保存区）可能仅需对水平表面进行湿法除尘。比较而言，如果人员在日常工作基础上，在周期性既定工作周之外实施净化和灭菌处理程序（例如，创伤中心），则小组可确定每隔24小时需要对所有无菌处理区进行一次彻底的终末清洁。小组应当定期重新评价无菌处理区的终末清洁规程，以确定是否需要根据部门活动情况对终末清洁计划进行调整。
当有人员还在积极进行设备消毒和包装用于灭菌的物品时，则不应当开始进行终末清洁工作。在清洁无菌处理区时，应当在转向污染工作区（例如，净化区）之前先清洁洁净工作区（例如，包装区、无菌存放区），以减少污染洁净区的机会。
对于日常的终末清洁而言，执行环境清洁的人员应当使用美国环保署注册的消毒剂和不起毛的布来对所有水平表面进行湿法除尘，例如灭菌器、工作台面、家具和架子等。小组成员应当依据生产商的说明清洁经常接触到的物品（例如，控制面板、计算机键盘、放大镜等）。清洁小组也应当每天或在垃圾桶满了的时候将无菌处理区垃圾桶中的垃圾清除干净。
在实施常规终末清洁时，环境清洁人员应当使用美国环保署注册的消毒剂将无菌处理区的所有地板擦拭干净，应当极度小心，以防液体在无菌用品或设备旁边产生喷雾、飞溅、溢出等。多学科小组（例如，来自无菌处理、环境服务、感染预防等部门的代表）应当确定哪种拖布材料和工具适合于该用途。例如，小组应当决定是否使用可重复使用的或一次性使用的拖布，其材料既可以是棉线的，也可以是细纤维的或免用清洁液的拖布。不论清洁所使用的拖布材料或工具的类型如何，清洁人员均应当在每次使用以后更换清洁材料，并且不能将其重新放回盛装清洁溶液的容器中，以防止污染溶液。无需对无菌处理区的地板进行湿吸清洗。
在无菌处理区完成了终末清洁程序的围手术期小组成员，应当在日志表格或核查清单上进行记录，这两份文件可张贴在无菌处理部门。核查清单的格式可能有利于列出特定的清洁活动，这样做既可以引导清洁人员执行预先确定好的终末清洁程序，也可以为完成了每种活动提供书面证明。在日志表格上登记终末清洁便于无菌处理人员和环境服务人员进行交流。
