非淋菌性尿道炎确诊后，大多采用广谱抗生素疗法，并且强调要连续不间断用药，要规则、定量、彻底治疗。治疗后10～20天复查再次均为阴性，并且临床症状消失后，确定为治愈。一般情况下，非淋菌性尿道炎治疗时所需的疗程较长。
治疗方案
成人
①强力霉素100mg口服，每日2次，连服7～21天；
②阿奇霉素1.0ｇ单剂量饭后2小时口服，可维持有效浓度3天，3天以后重复给药1次，如病期＞2个月者，则需每次1.0ｇ，间隔2～3天，服3～4周；
③红霉素0.5ｇ口服，每日4次，连续服用14～21天；
④盐酸四环素500mg，每天4次，连服14天为1个疗程；
⑤美满霉素100mg口服，每日2次，连服14天为1个疗程；
⑥交沙霉素0.2ｇ口服，每日1次，每日4次，14～21天为1个疗程；
⑦泰利必妥0.2ｇ，每日2次，连服10天；1周1个疗程，一般1～2个疗程。
婴幼儿和儿童
新生儿眼结膜炎：红霉素干糖浆30～50mg/(kg·日)，分4次口服，连服2周，如有效再延长1～2周。
新生儿肺炎：红霉素干糖浆50mg/(kg·日)，分4次口服，至少3周，直至治愈。
儿童：体重＜45kg，红霉素50mg/(kg·日)，分4次口服，连服2周。体重＞45kg，治疗方案同成年人。
判愈标准
治疗结束后1周应随访复查，治愈标准是症状消失，尿道分泌物涂片在油镜下，多形白细胞＜4个，病原体检查阴性。
治疗注意事项
衣原体和支原体对作用于细胞壁的药物耐药，如青霉素、万古霉素，对抑制蛋白和胞浆蛋白合成的药物敏感，如四环素类、红霉素、复方新诺明等。
对衣原体和支原体共同敏感的药物有四环素、二甲胺四环素、强力霉素、喹诺酮类。
解脲支原体用四环素治疗，有报道10%～20%耐药。对四环素耐药，改用红霉素、美满霉素或阿奇霉素及克拉仙片都可能有效，故应根据治疗效果而变更。
非淋菌性尿道炎可以是支原体感染，也可以是衣原体感染，或者是滴虫、霉菌等感染。所以治疗方案也不一样，在化验时应做药物敏感试验，以做药物筛选，针对不同病原体选择敏感的药物。
如果非淋菌性尿道炎治疗不当，或者发病时间较长，多数都合并有附睾炎、前列腺炎、子宫内膜炎、附件炎等合并症，这类患者的用药时间要长，需要较大剂量方能奏效。
部分淋病患者可同时伴有非淋菌性尿道炎，因此在治疗非淋菌性尿道炎同时，应行淋球菌有关检查，如有则应同时治疗
对阴道滴虫引起的非淋菌性尿道炎，口服灭滴灵200mg，每日2次，连服14～21天。
孕妇禁用四环素、喹诺酮类药，可用红霉素治疗。
