1.阴道上皮萎缩 ：年老妇女雌激素缺乏所致的上皮萎缩，阴道细胞学检查可能被怀疑为癌；组织学检查因整个上皮可由基底细胞或亚基底细胞构成和上皮顶层细胞缺乏糖原，碘试验阳性，而与阴道上皮内肿瘤相似，但此类病人可在阴道内使用雌激素软膏持续2周后，再行阴道细胞学或组织学检查，可恢复为正常的阴道上皮。
2.阴道尖锐湿疣：肉眼观察此类病灶难以与阴道鳞状上皮癌鉴别，均需依靠组织学检查。
3.阴道炎症：阴道炎与早期阴道癌有时在肉眼上难以分辨，尤其是癌灶为多中心或弥漫性生长时，需借助组织学检查。
4.子宫内膜腺癌阴道转移：部位多在阴道下段左右两侧或尿道下方，孤立结节，位于粘膜或粘膜下，肿瘤结节可破溃形成溃疡，出血和感染，可伴有子宫增大，子宫腔诊刮阳性。
5.尿道旁腺癌：多累及阴道前庭，可有尿频，尿痛或排尿障碍。
6.前庭大腺腺癌：多累及阴道下段侧壁，肿块位置较为深。
7.阴道的子宫内膜异位：罕见，常好发于穹窿部，其结节随月经次数增加而增大，周围呈炎症性浸润状，往往合并盆腔子宫内膜异位症，常有痛经或性交痛，阴道子宫内膜异位发生癌变时，在组织上必须看到正常的子宫内膜和子宫内膜腺癌之间的过渡形态。
8.恶性滋养细胞肿瘤的阴道转移：往往于粘膜下呈紫蓝色结节，溃破时可导致大出血，有流产，正常产或葡萄胎历史，子宫通常增大，或有卵巢黄素囊肿，尿妊娠试验阳性或血β-HCG异常升高。
9.前庭大腺恶性肿瘤：发生在接近阴道口侧壁的阴道平滑肌肉瘤与前庭大腺实性恶性肿瘤有时难以区别，可依据病理组织学检查作鉴别。
