甲巯咪唑和丙硫氧嘧啶，可能会影响孕妇的肝功能，但甲巯咪唑要比丙硫氧嘧啶对肝功的影响小一些。另外，这两种抗甲状腺药物可能会引起白细胞或粒细胞下降，有发烧、感染的风险，但发生概率不高，不到3%；还可能会引起皮肤过敏，荨麻疹，皮疹等，不过这些副作用都不是长期存在的，停药后会自行消失。
用药对于胎儿的风险，主要是在怀孕的6~20周，有可能会导致胎儿畸形。但有的患者好不容易才怀孕，有的人怀孕后才发现得了甲亢，往往不愿意终止妊娠，那么孕期用药就要承担一定的风险。
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