虽然盐水清肠短时间内能够有效改变便秘情况，但是不能起到根治的作用。频繁使用盐水清肠这种人工导泄的方法，可能会破坏肠道菌群，使得肠道功能紊乱，而且长期使用会越来越没有效果的，就跟喝泻药一样。
盐水清肠的副作用
很多人使用过后都反应在1-2个小时内大量排泄，体重减轻，所以认为通过这样的方法使肠道变得更加干净而因此达到减肥的效果。实际上是因为电解平衡造破坏后导致的腹泻，从盐水成分上讲基本是由水分子，钠离子，氯离子还有水中少量的钙镁离子组成。这些离子摄入过多会影响体内的电解质平衡，增加肾脏的负担，因为肾脏要负责维持血液中离子处于平衡状态。同时也直接加大了小肠上皮细胞的工作量，因为不管是水分子还是离子都是通过这些细胞被吸收的。如果钠离子进入血液也会造成血压的改变，严重者容易引发脑血管疾病。
长期盐水清肠会导致严重水肿，比如有些个体的肠道吸收能力很强，把盐水都给吸收了，大量盐分摄入会改变渗透压，导致自己的脚踝肿，眼皮肿，还有脚都肿起来。特别是对于一些肾脏功能不是很好的人群，或者是本身有高血压的老年人，都是相当危险的。
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