(1)产生抗菌药物灭活酶：
①β-内酰胺酶：
最主要的是D组的OXA-23酶，部分菌株还携带超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)、头孢菌素酶(AmpC)和B类的金属β-内酰胺酶；
②氨基糖苷类修饰酶：
由于各种修饰酶的底物不同，可导致一种和几种氨基糖苷类抗生素耐药；
(2)药物作用靶位改变：
拓扑异构酶gyrA、parC基因突变导致的喹诺酮类抗菌药物耐药；armA等16SrRNA甲基化酶导致几乎所有氨基糖苷类抗生素耐药；
(3)药物到达作用靶位量的减少：
包括外膜孔蛋白通透性的下降及外排泵的过度表达。鲍曼不动杆菌基因组显示，其富含外排泵基因，外排泵高表达在鲍曼不动杆菌多重耐药中发挥重要作用。
感染病原学诊断
(1)在采集血液、脑脊液等体液标本时，应进行严格的皮肤消毒、避免污染。血培养应当严格按照规范进行。
(2)采集痰标本时，应充分告知患者留样方法和要求、必要时采用气管镜下防污染毛刷采样，尽量提高痰标本质量。
临床微生物实验室要严格把握痰标本的质量，痰标本接种前应进行革兰染色镜检，判断痰标本是否合格，同时注意有无白细胞吞噬或伴行现象及细菌的染色和形态。呼吸道标本的半定量、定量细菌培养能够为临床提供重要参考价值。
(3)对于鲍曼不动杆菌皮肤感染由于取材易被皮肤正常菌群污染，甚至出现多种细菌并存的培养结果，病变部位取样应注意采用不同的方法：
①浅表、开放性脓庖和创口感染：清创后，使用拭子在创口涂抹即可；
②蜂窝织炎和丹毒：穿刺针抽吸组织取样，但不易获取，培养阳性率较低；
③复杂性皮肤软组织感染：用组织活检、穿刺针抽吸、外科手术等方法取深层组织进行培养，不能用创口拭子进行培养。
鲍曼不动杆菌为革兰阴性球杆菌，单个或成对排列，专性需氧，触酶阳性，氧化酶阴性，动力阴性，容易与其他非发酵菌区别。需要注意的是，鲍曼不动杆菌革兰染色不易脱色，尤其是血培养阳性标本直接涂片染色，易染成革兰阳性球菌。
由于鲍曼不动杆菌、醋酸钙不动杆菌、不动杆菌基因型3和不动杆菌基因型13TU生化表型十分接近，很难区分，通常都鉴并报告为醋酸钙不动杆菌一鲍曼不动杆菌复合体，目前临床报告的鲍曼不动杆菌实际为“鲍曼不动杆菌群”。“鲍曼不动杆菌群”的四种菌种致病力、耐药性相近，临床诊断和治疗相似。
