早上起来的时候，发现尿液的颜色很深。

根据你的描述你这个情况有可能是上火或者由于饮水少或体液排出过多，导致尿液浓缩引起的。也不排除有肾炎的可能，所以先多喝点水，吃的下火的东西，然后观察一段时间，如果还是就要到医院检查一下了。