凌晨三点多右腰肾痛，并且有尿等待的情况。

根据你描述的症状多考虑是泌尿系统结石，可以多喝水，勤排尿，促进细菌排出，多饮水多食蔬菜水果，避免辛辣刺激性食物适量运动，最近建议使用泌感颗粒，日常注意卫生避免感染了。