为什么腰早上起来僵硬微痛活动一会就好了什么情况

检查一下腰椎ct，看看是否有腰间盘突出，腰肌劳损。

和肾有关系吗

应该是腰部的问题。

那为什么早上起来阴茎尿道口发黑里面发红排两次尿就好了？

检查一下尿常规，看看是否是尿路感染。

尿路感染是怎么引起的

跟卫生，饮食都有关系。上火也有可能引起。