美国辛辛那提儿童医院医学中心的JerilynGray等人发现，新生儿过度使用抗生素可妨碍肠道细菌正常生长，从而增加肺炎患病风险。
有时候，抗生素作为预防用药（而不是因为感染）被开具。然而，在抗生素预防细菌感染的同时，也可作用于在免疫系统发育过程中发挥重要作用的“有益”细菌。事实上，新生儿免疫系统和肠道细菌之间的相互作用影响了免疫系统如何发育及如何与其他器官（如双肺）协同工作。
研究人员在小鼠中研究了宿主免疫系统和肠道共生细菌之间的相互作用，结果发现，小鼠出生后不久立即暴露于共生细菌，足以产生针对细菌性肺炎的稳健的宿主防御。肺炎是新生儿死亡的主要原因。该窗口期的特征是，小鼠肺部突然涌入大量产生白介素-22（interleukin-22，IL-22）的3群固有淋巴细胞（IL-22producinggroup3innatelymphoidcells，IL-22+ILC3）。该迁移过程依赖于通过肠粘膜树突状细胞感受共生细菌。破坏出生后的共生定植，或选择性的耗竭树突状细胞，可中断IL-22+ILC3的迁移，进而使小鼠对肺炎易感；出生后转移共生细菌可逆转这一过程。因此，共生细菌指导了IL-22+ILC3迁移至小鼠肺部，IL-22介导了宿主对肺炎的抵抗。
该研究表明，肠道细菌定植对于新生儿肺部防御的发育至关重要。这或许也解释了为何新生儿时期使用抗生素的个体在以后的生活中易发生哮喘或其他肺部疾病。如果早期且短期给予抗生素，新生儿可能有时间补充其肠道细菌。但这一过程可能花费数月，也可能导致异常的混合细菌。婴儿在1岁时可完成免疫系统的发育，这一期间发生的差错可能是永久的。
