药流结束后还去做了清宫手术，可之后一直有褐色的分泌物，怎么会这样？

从你所描述的情况来看这应该是感染了慢性炎症引起的不舒服，这段时间可以先卧床休息，必要的时候还要检查确诊后对症治疗。